При использовании стандартного обмена заказами между 1С Битрикс Управление сайтом и Битрикс 24 можно столкнуться со следующей проблемой:
если у вас несколько сайтов и разные Битрикс 24, то штатными средствами выгружаются заказы со всех сайтов в каждый битрикс.
Для того, чтобы выгружать заказы только с одного сайта в Битрикс 24 можно пойти самым простым путем - немного изменить стандартный модуль обмена.

Для этого заходим по пути \bitrix\modules\sale\general\, открываем файл export.php, находим следующий код:

$filter = array(   
   'select' => $arSelect,
   'filter' => $arFilter,
   'order'  => $arOrder,
   'limit'  => $count["nTopCount"]
);

if (!empty($arOptions['RUNTIME']) && is_array($arOptions['RUNTIME']))
{
   $filter['runtime'] = $arOptions['RUNTIME'];
}

$entity = static::getParentEntityTable();

      $dbOrderList = $entity::getList($filter);

while($arOrder = $dbOrderList->Fetch())

Перед ним вставляем небольшой код:
/* BEGIN CUSTOM INJECTION */      
      if(
          ($_GET['type']=='crm' || $_POST['type']=='crm' || $_REQUEST['type']=='crm') &&
          ($_GET['mode']=='query' || $_POST['mode']=='query' || $_REQUEST['mode']=='query')
      )
      {
          $arFilter['LID'] = 's1';
      }
/* END CUSTOM INJECTION */

Мы просто добавляем в фильтр параметр, отвечающий за идентификатор нужного сайта. Код в примере выведет только заказы первого сайта (s1).

Напоминаем, что данная вставка может исчезнуть при обновлении БУС, поэтому всегда фиксируйте в отдельном месте все ваши доработки стандартного функционала.